Jabatan Sains MRSM Pendang di ketuai oleh En Ahmad Zaid B Abd Hamid dan di bantu oleh beberapa orang guru kanan. Jabatan ini mempunyai beberapa unit seperti Unit Biologi , Unit Kimia, Unit Fizik dan Unit Sains Teras. Jabatan ini berperanan meningkatkan tahap pendidikan pelajar ke arah dunia sains dan teknologi. Jabatan ini dianggotai seramai 11 orang guru. Beberapa unit diwujudkan berdasarkan kepada matapelajaran yang ditawarkan iaitu:-

Unit Kimia

Unit Fizik

Unit Biologi

Unit Sains Teras

 

Jabatan ini juga merupakan badan yang bertanggungjawab menyelaras program Tunas Saintis bagi Pertandingan Tunas Saintis di Peringkat Kebangsaan